खगेन्द्र भट्टराई, रजिस्ट्रार मानबहादुर केसीसहित पूर्व तथा वर्तमान पदाधिकारी र कर्मचारीविरुद्ध भ्रष्टाचारको मुद्दामा कारवाही हुनुपर्ने दावी गरेको थियो । तत्कालीन कार्यकारी परिषद सदस्यहरू इन्द्रप्रसाद तिवारी, प्राडा भवानीप्रसाद पाण्डे, ज्ञानेश्वर शर्मा, चन्द्रमणि पौडेल, इश्वरचन्द्र बानिया, कार्यकारी परिषद सदस्य दीपकराज पौडेल, योजना महाशाखा प्रमुख हरिबहादुर खड्का, पूर्व उपकुलपति प्राडा केशरजंग बराल, पूर्वरजिस्ट्रार ओमप्रकाश शर्मा, परीक्षा नियन्त्रक बलराम भट्टराईलगायत विपक्षी बनाइएको थियो ।तर विशेष अदालतले कुनै पनि पदाधिकारीले भ्रष्टाचार गरेको ठोस प्रमाण अख्तियारवाट पेश हुन नसकेको भन्दै उनीहरुलाई सफाइ दिने निर्णय गरेको हो । अख्तियारले दायर गरेको आरोपपत्रमा विश्वविद्यालयको २ करोड २४ लाख १६ हजार रुपैयाँ अनियमितता भएको जिकिर गरिएको थियो । विश्वविद्यालयका पदाधिकारीसँग भ्रष्टाचार भएको रकम बराबर विगो र सोही बराबर जरिवाना असुल हुनुपर्ने माग गरिएको थियो । अख्तियारले भ्रष्टाचार निवारण ऐन बमोजिम उनीहरुलाई जनही अधिकतम पाँच वर्षसम्मको कैद सजाय हुनुपर्ने माग पनि गरेको थियो । 'अख्तियारले अनियमितता भएको भनि दावीसहित मुद्दा दायर गरेपनि यथेष्ट प्रमाण जुटाउन नसकेकाले भोली नै पुरानै जिम्मेवारी सम्हाल्न दिनु पर्ने देखिन्छ,' विशेषको फैसलामा भनिएको छ, 'भ्रष्टाचारको आरोप लागेपछि निलम्वनमा रहेका सम्पूर्ण पदाधिकारीले ससम्मान पूरानै स्थानमा काम गर्न सक्ने देखिन्छ । ' अख्तियारले गएको साउन १५ देखि विश्वविद्यालयमा छानबिन थालेको थियो । अख्तियारको केन्द्रबाटै खटिएका र पश्चिमाञ्चल क्षेत्रीय कार्यालयका कर्मचारीले लगातार एक साता विश्वविद्यालयमै बसेर कागजात नियन्त्रणमा लिई छानबिन गरेका थिए । बयानमा ३६ जनालाई बोलाइए पनि केहीलाई भने संलग्नता नदेखिएको भन्दै सफाइ दिइएको थियो । पोखरा विश्वविद्यालयले ९ वटा क्याम्पसलाई सम्बन्धन दिएको थियो । आर्थिक चलखेलका आधारमा काठमाडौंका कलेजलाई सम्बन्धन दिएको आरोप विश्वविद्यालयका वर्तमान पदाधिकारीलाई समेत अख्तिायारले मुद्दा हालेको थियो ।अख्तियारले विश्वविद्यालयका निर्माणाधीन ६ वटा भवनमा आर्थिक अनियमितता भएको भन्दै त्यससम्बन्धी कागजात पनि नियन्त्रणमा लिएको थियो । विश्वविद्यालयको केन्द्रीय कार्यालय भवन ८ करोडमा ठेक्का लगाइए पनि समयमा पूरा नगरिएको आरोपसहितको उजुरी अख्तियारमा परेको थियो । समयमा पूरा नगर्नेलाई जरिवाना लगाउनुको सट्टा ठेक्का रकम फेरबदल गरी बढाइएको आरोप पनि विश्वाविद्यालयलाई लागेको थियो ।विश्वविद्यालय स्थापना भएदेखि नै अनियमितता भएको भन्दै १६ वर्षअघिका फाइल खोतलेर अख्तियारले अनुसन्धान गरेको थियो ।