सर्वोच्च अदालतले सत्यनिरुपण तथा मेलमिलाप आयोग र बेपत्ता छानबिन आयोगले जघन्य अपराधमा पनि क्षमादान दिन सक्ने गरी यससम्बन्धी ऐनमा रहेका दुई प्रावधान खारेज गरेको छ। न्यायाधीश कल्याण श्रेष्ठ, वैद्यनाथ उपाध्याय र चोलेन्द्रशमशेर राणाको विशेष इजलासले बिहीबार ऐनको दफा २६ २) र २९ १) मा रहेका त्यस्ता वाक्यांश खारेज गर्न आदेश दिएको हो। दुई आयोग गठनका लागि बनाइएको ऐनका यी प्रावधानविरुद्ध द्वन्द्वपीडित २ सय ३४ जनाले दायर गरेको रिटमा बिहीबार सर्वाेच्चले अन्तिम फैसला सुनाउँदै क्षमादान दिने विषयमा आयोगलाई ऐनले दिएको तजबिजी अधिकार र गम्भीर मानवअधिकार उलंघनकर्तालाई मुद्दा चलाउने विषयमा शान्ति तथा पुनर्निर्माण मन्त्रालयलाई दिइएको अधिकार दुवै असंवैधानिक रहेको ठहरसमेत गरेको छ। सर्वोच्चले मेलमिलाप र क्षमादानका लागि पीडितको सहमति अनिवार्य हुनुपर्ने एवं विभिन्न अदालतमा विचाराधीन मुद्दाहरु आयोगमा स्थानान्तरण हुन नसक्ने आदेश गरेको छ। ऐनको दफा २६ २) मा अन्यत्र जे लेखिए पनि ‘बलात्कार र आयोगको छानबिनबाट क्षमादान दिन पर्याप्त आधार र कारण नदेखिएका गम्भीर प्रकृतिका अन्य अपराधमा संलग्न पीडकलाई आयोगले क्षमादानका लागि सिफारिस गर्न सक्नेछैन' भन्ने व्यवस्थालाई सर्वोच्चले ‘आपत्तिजनक' भनेको छ। ‘आयोगको छानबिनबाट क्षमादान दिन पर्याप्त आधार र कारण नदेखिएका' भन्ने वाक्यांशको सोझो अर्थ आयोगले चाहे गम्भीर प्रकृतिका अपराधका पीडकलाई समेत क्षमादानको सिफारिस गर्न सक्छ भन्ने भएकाले सो वांक्यांश बदरभागी छ,' सर्वोच्चको आदेशमा भनिएको छ। ‘गम्भीर अपराधका पीडकलाई न्यायको दायरामा ल्याई सजाय गर्ने आधार खोजी गर्नु आयोगको दायित्व हुने भई संविधान र कानूनसम्मत पनि हुन्छ,' मंगलबारको फैसलामा भनिएको छ, ‘अभियोग नै नलगाई कसूर नै कायम नगरी आममाफी दिएसरह क्षमादान गर्ने आधार र कारण आयोगले खोजी हिँड्न आवश्यक हुँदैन र सो आयोगलाई सुहाउँदैन पनि।' त्यसैगरी, ऐनको दफा २९ १) मा ‘मानवअधिकारको गम्भीर उल्लंघन आरोपमा दोषी देखिएको पीडकउपर मुद्दा चलाउन आयोगबाट नेपाल सरकारसमक्ष सिफारिस भएमा मन्त्रालयले त्यस्तो पीडकउपर मुद्दा चलाउन महान्यायाधिवक्तासमक्ष लेखिपठाउनुपर्नेछ' भन्ने उल्लेख छ। सर्वोच्चले यो दफामा प्रयोग भएको ‘नेपाल सरकारसमक्ष सिफारिस भएमा मन्त्रालयले त्यस्तो पीडकउपर मुद्दा चलाउन' भन्ने वाक्यांश हटाउन आदेश दिएको छ। ‘नेपालको अन्तरिम संविधानको धारा १३५ बमोजिम संविधानले प्रदान गरेको अभियोजनसम्बन्धी अधिकार विशिष्ट र स्वायत्त प्रकृतिको अधिकार हो,' सर्वोच्चको फैसलामा भनिएको छ, ‘यसरी संविधानतः सरकार वादी हुने मुद्दा चलाउने अख्तियारी भएको महान्यायाधिवक्तासमक्ष आयोगले सोको लागि सिधै सिफारिस गर्न नसक्ने र नगर्नुपर्ने कुराको कुनै विवेकसम्मत आधार देखिँदैन।' द्वन्द्वपीडितहरु सुमन अधिकारी, मञ्जिमा ढकाल, सावित्री श्रेष्ठ र सृजना श्रेष्ठसहितका २ सय ३४ द्वन्द्वपीडितले सत्यनिरुपण आयोग र मन्त्रालयलाई ऐनले प्रदान गरेका तजबिजी अधिकारसहितका अन्य केही दफाका व्यवस्था संविधान, अन्तर्राष्ट्रिय कानुन र मानवअधिकार अभिसन्धिविपरीत रहेको भन्दै गत जेठमा सर्वोच्चमा मुद्दा दायर गरेका थिए। सोही मुद्दामा फैसला गर्दै सर्वोच्चले ऐनको दफा १३ २) मा विभिन्न अदालतमा विचाराधीन मुद्दाहरु सम्बन्धित अदालतको परामर्शमा आयोगले छानबिन गर्नेछ भन्ने रहेकोमा विचाराधीन मुद्दा स्थानान्तरण हुन नसक्ने ठहर गरेको छ। ‘ऐनमा जेजस्तो शब्दावली प्रयोग भए पनि ऐनअन्तर्गत गठन भएको आयोगले न्यायिक संस्थालाई विस्थापन, न्यायिक कार्यको प्रतिस्थापन र न्यायिक कार्यको विकल्प दिन सक्दैन भन्ने कुरा सबैले संस्मरण गर्नुपर्दछ। वास्तवमा आयोग स्वयंमा न्यायिक प्रक्रियाको सहयोगी वा सहायक मात्र हो,' फैसालामा भनिएको छ, ‘अन्तरिम संविधानको धारा १०० बमोजिम नेपालको न्याय प्रणाली मात्र संविधान, कानून र न्यायका मूल्यमान्यताबाट निःसृत हुन सक्दछ। न्यायिक अधिकार अन्यत्रैबाट निःसृत हुने अभ्यास परित्याग गरिसकेको कुरा सबैलाई हेक्का भएकै हुनुपर्दछ।' यसैगरी, ऐनको दफा २२ १) र २६ ५) को व्याख्या गर्दै सर्वोच्च अदालतले मेलमिलाप र क्षमादानका लागि पीडितको सहमति अनिवार्य हुने आदेशसमेत गरेको छ। ऐनको २२ १) मा पीडक वा पीडितले मेलमिलापका लागि आयोगसमक्ष निवेदन दिएमा आयोगले पीडक र पीडितबीच एक आपसमा मेलमिलाप गराउन सक्ने प्रावधान छ भने दफा २६ ५) मा क्षमादानका लागि कुनै निवेदन पर्न आए आयोगले पीडकलाई क्षमादान गर्ने सम्बन्धमा पीडितको सहमति, असहमति र घटनाको गम्भीरतासमेत विचार गरी क्षमादानको सिफारिस गर्ने निर्णय गर्नुपर्ने उल्लेख छ। सर्वोच्चले क्षमादानको दफामा प्रयोग भएको ‘असहमति' भन्ने पदावलीको अर्थ दोहोरो लाग्न गएको भन्दै पीडितको सहमतिलाई अनिवार्य सर्त बनाउन आदेश दिएको हो। सोही फैसलामा सर्वोच्चले दुवै आयोग र सरकारलाई यसअघि राजेन्द्र ढकाल, लीलाधर भण्डारी र माधवकुमार बस्नेतसमेत निवेदक भएका मुद्दामा जारी गरिएका आदेश, दिइएका निर्देशन र व्याख्याहरु प्रतिकूल नहुने गरी कार्य गर्नसमेत आदेश दिएको छ। न्यायाधीशत्रयको इजलासले द्वन्द्वपीडित अधिवक्ता ज्ञानेन्द्रराज आरणले आयोग गठन गर्न बनेको सिफारिस समिति नै गैरसंवैधानिक भएको भनी दायर गरेको रिट भने खारेज गरेको छ।